Volver a instalar el sistema operativo es otro enfoque para la eliminación de virus. Se trata de volver a formatear el disco duro o de la computadora e instalar el sistema operativo y todos los programas de los medios de comunicación original, o la restauración de la partición completa con una imagen de copia de seguridad limpia. Los datos del usuario se puede restaurar el arranque desde un Live CD, o de poner el disco duro en otro equipo y el arranque de su sistema operativo con mucho cuidado de no infectar el segundo equipo mediante la ejecución de los programas infectados en el disco original, y una vez que tiene el sistema ha restaurado las precauciones se deben tomar para evitar la reinfección de un archivo ejecutable restaurado.
Estos métodos son fáciles de hacer, puede ser más rápido que la desinfección de un equipo, y están garantizados para eliminar cualquier malware. Si el sistema operativo y los programas deben volver a instalar desde cero, el tiempo y esfuerzo para volver a instalar, configurar y restaurar las preferencias del usuario hay que tener en cuenta. La restauración de una imagen es mucho más rápido, totalmente seguro, y restaura la configuración exacta para el estado en que estaba cuando se creó la imagen, sin más problemas.