Una posibilidad en Windows Millennium Edition, Windows XP, Windows Vista y Windows 7 es una herramienta conocida como Restaurar sistema, que restaura el registro y los archivos críticos del sistema a un punto de control anterior. A menudo, un virus que causa un bloqueo del sistema, y un reinicio duro posterior hará que un sistema de punto de restauración desde el día mismo acto de corrupción. Los puntos de restauración de días anteriores deben trabajar siempre y cuando el virus no está diseñado para corromper la restauración de archivos o también existe en los anteriores puntos de restauración. Algunos virus, sin embargo, deshabilitar la función Restaurar sistema y otras herramientas importantes, tales como el Administrador de tareas y el símbolo del sistema. Un ejemplo de un virus que hace esto es CiaDoor. Sin embargo, muchos de estos virus puede ser eliminado reiniciando el ordenador, entrar en modo seguro de Windows y, a continuación utilizando las herramientas del sistema.
Los administradores tienen la opción de desactivar tales herramientas de los usuarios limitados por diversas razones (por ejemplo, para reducir los daños potenciales de la propagación del virus). Un virus puede modificar el registro para hacer lo mismo incluso si el administrador es el control de la computadora, sino que bloquea todos los usuarios, incluyendo el administrador de acceso a las herramientas. El mensaje de "Administrador de tareas ha sido deshabilitado por su administrador" puede aparecer, incluso para el administrador.
Los usuarios que ejecutan un sistema operativo de Microsoft puede acceder al sitio web de Microsoft para ejecutar una exploración libre, siempre que tengan su número de registro de 20 dígitos. Muchos sitios web gestionados por empresas de software antivirus ofrecen escaneo de virus en línea gratuito, con algunos servicios de limpieza (con el fin de los sitios es la venta de productos anti-virus). Algunos sitios web permiten un archivo sospechoso único que se comprueba por muchos programas antivirus en una sola operación.