Para evitar ser detectados por la emulación, algunos virus se reescribir por completo cada vez que se para infectar archivos ejecutables nuevos. Los virus que utilizan esta técnica se dice que son metamórficas. Para habilitar el metamorfismo, un motor metamórfico es necesario. Un virus metamórfico es generalmente muy grandes y complejas. Por ejemplo, W32/Simile consistía de más de 14.000 líneas de código en lenguaje ensamblador, el 90% de los cuales es parte del motor metamórficas.
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